氫焰氣相色譜儀三氣的流量比，有關資料均建議為：氮氣：氫氣：空氣：l：l：10 但由于轉子流量計指示流量的不準確性，事實上誰會去苛求這個配比呢？各氣體以良好匹配，目的是既有高的檢測器靈敏度又能有較好的分離效果，還不致于容易熄火。本著上述原則，氣相色譜儀氣比應按下法調節：
1.氮氣流量的調節
在氣相色譜儀色譜柱條件確定后、樣品組分分離效果的好壞、氮氣的流量大小是決定因素 調節氮氣流量時．要進樣觀察組分分離情況，直至氮氣流量盡可能大且樣品組分有較好分離為止。
2.氫氣和空氣流量的調節
氫氣和空氣流量的調節效果，可以用基流的大小來檢驗，先調節氫氣流量，使之約等于氮氣的流量，再調節空氣流量，在調節空氣流量時，要觀察基流的改變情況 只要基流在增加，仍應相向調節，直至氣相色譜儀基流不再增加不止。后，再將氫氣流量上調少許。
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